Der Nachteil von Farbstofftinte besteht darin, dass sie nicht wasserfest ist, und da sich die Farbstoffmoleküle unter ultravioletter Strahlung schnell zersetzen, verblasst sie offensichtlich innerhalb eines Monats, nachdem sie im Freien unter ultravioletter Strahlung verwendet wurde.
Der Nachteil ist, dass die meisten Pigmenttinten Farbrückstände auf der Oberfläche hinterlassen. Daher können selbst beim Drucken auf Hochglanzpapier und anderem Papier mit ebener Oberfläche keine Hochglanzbilder gedruckt werden, weshalb mit Pigmenttinten bedruckte Dinge im Allgemeinen keinen Glanz haben. Darüber hinaus sind die Herstellungskosten von Pigmenttinte höher, sodass der Verkaufspreis auch höher ist als der von Farbstofftinte, und der Preisunterschied mehr als das Zwei- bis Vierfache beträgt.
